Cette journée "Reproductibilité en Sciences" est organisée par les Graduates Initiatives GI EIF, GI DIGITBIOMED, GI NEURO et GI BB dans le cadre du projet SFRI Graduate+ porté par l'université Claude Bernard Lyon 1.
L’objectif de cette journée est double : confronter les regards et pratiques des disciplines sur le sujet afin de développer une réflexion interdisciplinaire sur le sens et les limites de ce concept, ainsi que sur les éléments communs ou au contraire distants selon les disciplines.
La journée comprendra des présentations suivies d'une table ronde.
La liste des intervenants est la suivante:
1. Benoît Pier :DR CNRS, LMFA
2. Roberto Di Cosmo : INRIA
3. Gaëlle Leroux : CNRS, CRNL
4. Stéphane Dray : CNRS, LBBE
5. Yoann Lafon : LBMC
6. Sorina Camarasu Pop : CNRS, CREATIS
7. Michel Kern : INRIA
Dans le cadre des SFRI, la journée est ouverte à tous les étudiants, les enseignants, chercheurs et personnels de l'université et des établissements de l'ESR. La participation à cette journée est gratuite, mais l'inscription est obligatoire pour le buffet et souhaitable pour des questions d'organisation. Pour s'inscrire, vous devez remplir le formulaire d'inscription en bas de la page.
L'accès peut se faire avec le TRAM T1/T4 (arrêt condorcet) puis en se dirigeant vers le bâtiment Polytech à la Doua (RC). (voir le plan d'accès ici)
Vous trouverez sur la page suivante le détail des contributions de la journée avec les photos des intervenants (dans Compte-Rendu) et les présentations en pièce jointe.
Vous trouverez aussi en fin de page un compte rendu contenant quelques éléments de réflexion supplémentaires, en particulier sur la reproductibilité computationnelle.
Le comité d’organisation :
Marc Buffat, Emmanuel Desouhant, Mohand-Saïd Hacid, Emiliano Macaluso
Introduction par Bénédicte Durand (SFRI Graduate +, Lyon1)
Recommandations/obligations de nos tutelles liées aux questions de reproductibilité
L'usage de Software Heritage pour faciliter les tâches pour tous les EC/C/IGE concernés
Bonnes pratiques (cahier de labo électronique, partage de données, suivi de version sur code/logiciel, programmation lettrée).
Buffet sur la rotonde au 2nd étage pour les inscrits
améliorer la reproductibilité d'expérimentations servant à la caractérisation de matériel biologique
Définitions, défis, outils – le cas de l’imagerie médicale
bilan du 52e forum ORAP sur les questions posées par le HPC pour la reproductibilité
Mathurin Massias (CNRS, LBMC ENSL) et Ghislain Durif (CNRS, LBMC ENSL)
présentation de Computo, un journal de la Société française de statistiques promouvant la reproductibilité
Computo: an academic journal in statistics and machine learning promoting reproducibility and alternative publication mode
Bertrand Kerautret (Pr Lyon 2, LIRIS) et ERIC Bois (CNRS, LIRIS)
minisynthèse sur les points liés à l’axe Recherche Reproductibilité :
Initiateur et organisation de la série des Workshop RRPR: https://rrpr2022.sciencesconf.org
Suite aux discussions lors de la table ronde de cette journée, vous trouverez ci-dessous quelques éléments de réflexion.
Liste de référence en biologie
Ces études montrent la très faible reproductibilité des notebooks python cités dans ces articles (moins de 5%). Cependant, en regardant l'article, 90% des problèmes de reproductibilité des notebooks python sont liés à une erreur d'importation de librairie (ModuleNotFoundError, ImportError and FileNotFoundError).
C'est lié au fait que l'environnement python standard utilisé n'a pas installé toutes les librairies nécessaires. De mon point de vue, l'analyse faite est alors très biaisée ! En effet un des plus gros intérêts de Python est son énorme liste de bibliothèques disponibles, et les personnes qui publient leur notebook ne spécifient pas toujours la liste explicite de toutes les bibliothèques utilisées.
journal scientifique international en accès libre (diamond access), avec une écriture d'articles en couche multiple, recherche en histoire utilisant une approche data-driven avec des notebooks jupyter.